O clube foi fundado a 6 de Outubro de 1975. O seu actual presidente é Luís Guia. Na época de 2006-2007, a equipa de seniores de futebol militou no campeonato nacional da 2ª divisão Nacional, série D, tendo sido esta a época desportiva em que o clube conseguiu atingir o patamar desportivo mais alto da sua história.
A União Desportiva Messinense pautou-se sempre pelo seu dinamismo no espectro desportivo a nível local e regional. Para além do futebol, que sempre foi a modalidade rainha, já existiram secções de outras modalidades no clube, nomeadamente atletismo, andebol e cicloturismo.
Nos dias de hoje, o futebol continua a ser a sua modalidade principal, estando o clube a largos anos representado em todos os escalões, sendo já um dos históricos clubes da nossa região. Para além do futebol, o clube regista na actualidade as actividades de aeróbica e de cicloturismo.
Relativamente à equipa de futebol sénior do clube, na epoca de 2009-2010 o clube sagrou-se campeão do algarve (AFA Algarve ), subindo a 3ª divisão nacional.